Nếu xuất khẩu thì thuộc đối tượng áp dụng thuế GTGT 0% và được khấu trừ/hoàn thuế đầu vào (Điều 9, Điều 14 Thông tư 219/2013/TT-BTC , khoản 3 Điều 1 Thông tư 130/2016/TT-BTC ).

Dự án đầu tư sản xuất phần mềm nếu đáp ứng quy định tại Điều 3, Điều 4 Thông tư 13/2020/TT-BTTTT thì được hưởng ưu đãi thuế TNDN, với thuế suất 10% trong thời hạn 15 năm và miễn thuế 4 năm, giảm 50% thuế trong 9 năm tiếp theo (khoản 1 Điều 11, khoản 1 Điều 12 Thông tư 96/2015/TT-BTC ).

Mức ưu đãi thuế như sau: hưởng thuế suất 10% trong thời hạn 15 năm kể từ năm đầu tiên dự án có doanh thu; miễn thuế 4 năm kể từ năm đầu tiên dự án có thu nhập chịu thuế và giảm 50% thuế trong 9 năm tiếp theo (Điều 11, 12 Thông tư 96/2015/TT-BTC ).

Ngoài ra, hoạt động sản xuất phần mềm còn thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT hoặc được hưởng thuế GTGT 0% khi xuất khẩu (khoản 21 Điều 4, Điều 9 Thông tư 219/2013/TT-BTC ).

Theo Bộ TTTT, quy trình sản xuất phần mềm phải đảm bảo bao gồm các công đoạn sau:

1. Xác định yêu cầu: mô tả ý tưởng về phần mềm, các đặc tính, ngữ cảnh sử dụng...

2. Phân tích và thiết kế: đặc tả các yêu cầu, thiết lập thuật toán...

3. Lập trình, viết mã lệnh

4. Kiểm tra, thử nghiệm

5. Hoàn thiện, đóng gói sản phẩm

6. Cài đặt, chuyển giao, hướng dẫn sử dụng, bảo trì...

7. Phát hành, phân phối, cho thuê

Mỗi công đoạn trên bắt buộc phải có tài liệu chứng minh

Thông tư có hiệu lực thi hành kể từ ngày 19/8/2020 và thay thế Thông tư số 16/2014/TT-BTTTT ngày 18/11/2014.

- Điều 5 quy định 07 công đoạn trong quy trình sản xuất sản phẩm phần mềm

- Khoản 1 Điều 6 quy định các yêu cầu chung đối với một doanh nghiệp có hoạt động sản xuất phần mềm

- Khoản 2 Điều 6 quy định các công đoạn nào một doanh nghiệp phải thực hiện thì được coi là có hoạt động sản xuất phần mềm

- Điểm a Khoản 2 Điều 7 quy định việc tự chịu trách nhiệm của doanh nghiệp đối với thông tin khai báo và việc xác định hoạt động sản xuất phần mềm.

Công văn cũng lưu ý doanh nghiệp cần chủ động chuẩn bị các tài liệu, xây dựng hồ sơ chứng minh hoạt động sản xuất phần mềm của mình khi được các cơ quan chức năng yêu cầu.

Cụ thể, được hưởng thuế suất 10% trong thời hạn 15 năm, miễn thuế 4 năm và giảm 50% thuế trong 9 năm tiếp theo (Điều 19, Điều 20 Thông tư 78/2014/TT-BTC ).

Trường hợp Công ty được gia hạn giấy chứng nhận đầu tư, nếu sau khi gia hạn vẫn đáp ứng các điều kiện ưu đãi thuế theo quy định thì được tiếp tục hưởng ưu đãi cho thời gian còn lại (khoản 3 Điều 10 Thông tư 96/2015/TT-BTC ).

Theo đó, nguyên liệu, vật tư, linh kiện sản xuất sản phẩm phần mềm, công nghệ thông tin, nội dung số chỉ được miễn thuế nhập khẩu khi đáp ứng các điều kiện sau:

(i) phục vụ trực tiếp cho hoạt động sản xuất sản phẩm thuộc Danh mục sản phẩm phần mềm và phần cứng, điện tử quy định tại Thông tư 09/2013/TT-BTTTT (sửa đổi tại Thông tư số 20/2021/TT-BTTTT) hoặc thuộc danh mục sản phẩm nội dung số theo quy định của Bộ Thông tin & Truyền thông;

(ii) không thuộc Danh mục máy móc, thiết bị, nguyên liệu, vật tư, linh kiện ngành viễn thông - công nghệ thông tin, nội dung số, phần mềm trong nước đã sản xuất được tại phụ lục 8 ban hành kèm Thông tư 05/2021/TT-BKHĐT .

Về hồ sơ, thủ tục miễn thuế thực hiện theo quy định tại Điều 30, Điều 31 Nghị định 134/2016/NĐ-CP (sửa đổi tại Nghị định 18/2021/NĐ-CP ).

Thông tư có hiệu lực thi hành kể từ ngày 15/02/2023.

Thời gian áp dụng thuế suất ưu đãi, thời gian miễn thuế, giảm thuế TNDN được thực hiện theo quy định tại khoản 6 Điều 15, khoản 4 Điều 16 Nghị định 218/2013/NĐ-CP .

Đối với trường hợp áp dụng ưu đãi sau khi dự án sản xuất phần mềm thay đổi địa điểm thực hiện, được thực hiện theo hướng dẫn tại Công văn số 1791/TCT-CS ngày 28/5/2021.

Mức ưu đãi dành cho dự án này được quy định tại khoản 1 Điều 11 và khoản 1 Điều 12 Thông tư 96/2015/TT-BTC như sau: thuế suất 10% trong thời hạn 15 năm, miễn thuế 4 năm và giảm 50% thuế trong 9 năm kế tiếp.

Trường hợp doanh nghiệp đồng thời thực hiện nhiều hoạt động sản xuất, kinh doanh khác nhau thì phải hạch toán riêng thu nhập của các hoạt động được và không được ưu đãi để khai nộp thuế riêng.

Đối với hoạt động "lập trình máy vi tính (CPC 8424)" có được coi là hoạt động sản xuất phần mềm hay không (để xét ưu đãi), cần liên hệ với cơ quan quản lý chuyên ngành.

Thời gian áp dụng ưu đãi thuế được xác định theo quy định tại khoản 6 Điều 15 và khoản 4 Điều 16 Nghị định 218/2013/NĐ-CP .

Doanh nghiệp được tự xác định các điều kiện, mức ưu đãi và tự kê khai, quyết toán với cơ quan thuế, không yêu cầu làm thủ tục xác nhận ưu đãi (Điều 22 Thông tư 78/2014/TT-BTC ).

Về danh mục sản phẩm phần mềm và quy trình sản xuất phần mềm, tham khảo tại Thông tư 09/2013/TT-BTTTT và Thông tư 16/2014/TT-BTTTT (từ 19/8/2020 thay bằng Thông tư 13/2020/TT-BTTTT ).

+ Hưởng thuế suất 10% trong thời hạn 15 năm, kể từ năm đầu tiên dự án có doanh thu

+ Miễn thuế 4 năm, kể từ năm đầu tiên dự án có thu nhập chịu thuế và giảm 50% thuế trong 9 năm tiếp theo.

Cơ sở xác định hoạt động sản xuất phần mềm được thực hiện theo quy định tại Nghị định 71/2007/NĐ-CP , Thông tư 16/2014/TT-BTTTT và Thông tư 09/2013/TT-BTTTT .

Cần lưu ý rằng các khoản thu nhập từ hoạt động mua bán phần mềm và dịch vụ phần mềm không được ưu đãi thuế.

Thay vào đó, doanh nghiệp phải tự chịu trách nhiệm giải trình và cung cấp hồ sơ để cơ quan thuế thẩm tra và cho hưởng ưu đãi thuế, trong đó lưu ý giải trình các thông tin cần thiết sau:

- Có Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp hoặc Giấy chứng nhận đầu tư (điểm a khoản 1 Điều 6 Thông tư số 16).

- Chỉ rõ sản phẩm của doanh nghiệp sản xuất thuộc Danh mục sản phẩm phần mềm ban hành tại Thông tư 09/2013/TT-BTTTT .

- Đưa ra các thông tin, bằng chứng để thuyết minh hoạt động sản xuất phần mềm của doanh nghiệp thuộc một trong các trường hợp quy định tại điểm a, b, c khoản 2 Điều 6 Thông tư số 16).

Mức ưu đãi thuế dành cho dự án sản xuất sản phẩm phần mềm được quy định tại khoản 1 Điều 11 và khoản 1 Điều 12 Thông tư 96/2015/TT-BTC như sau: hưởng thuế suất 10% trong thời hạn 15 năm; miễn thuế 4 năm và giảm 50% thuế trong 9 năm tiếp theo.

Việc xác định hoạt động sản xuất sản phẩm phần mềm được căn cứ theo quy định tại Thông tư 16/2014/TT-BTTTT và danh mục sản phẩm phần mềm ban hành tại Thông tư 09/2013/TT-BTTTT .

Riêng các dịch vụ tư vấn và quản trị hệ thống máy vi tính nếu không đáp ứng điều kiện là hoạt động sản xuất sản phẩm phần mềm thì không được ưu đãi thuế.

Đồng thời, hoạt động sản xuất phần mềm và dịch vụ phần mềm thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT theo quy định tại khoản 21 Điều 4 Thông tư 219/2013/TT-BTC .

Căn cứ để xác định hoạt động sản xuất phần mềm thực hiện theo quy định tại Nghị định 71/2007/NĐ-CP , Thông tư 16/2014/TT-BTTTT và Thông tư 09/2013/TT-BTTTT .

Ngoài ra, nếu hoạt động sản xuất phần mềm của Công ty đáp ứng quy định tại Thông tư 16/2014/TT-BTTTT và sản phẩm sản xuất ra thuộc Danh mục phần mềm ban hành tại Thông tư 09/2013/TT-BTTTT thì được ưu đãi thuế TNDN.

Mức ưu đãi thuế TNDN xác định theo quy định tại khoản 1 Điều 11 và khoản 1 Điều 12 Thông tư 96/2015/TT-BTC .

Trường hợp Công ty không có thu nhập chịu thuế trong ba năm đầu, kể từ năm đầu tiên có doanh thu từ dự án thì thời gian miễn thuế, giảm thuế được tính từ năm thứ tư.

Đối với các Chi nhánh hạch toán độc lập của Công ty nếu đáp ứng các điều kiện ưu đãi theo quy định tại Điều 15, Điều 16 Nghị định 218/2013/NĐ-CP , Thông tư 78/2014/TT-BTC , Thông tư 96/2015/TT-BTC , Thông tư 83/2016/TT-BTC thì cũng được hưởng ưu đãi.

Theo đó, trường hợp doanh nghiệp thực hiện dự án đầu tư mới về sản xuất phần mềm thì thu nhập từ dự án này được hưởng ưu đãi thuế TNDN theo mức nêu trên.

Mức ưu đãi thuế dành cho dự án sản xuất sản phẩm phần mềm gồm: hưởng thuế suất 10% trong thời hạn 15 năm, miễn thuế 4 năm kể từ năm đầu tiên có thu nhập chịu thuế và giảm 50% thuế trong 9 năm tiếp theo (Điều 11, Điều 12 Thông tư 96/2015/TT-BTC ).

Ngoài ra, hoạt động sản xuất sản phẩm phần mềm thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT theo khoản 21 Điều 4 Thông tư 219/2013/TT-BTC , nếu xuất khẩu thì được hưởng thuế GTGT 0%.

Tuy nhiên, nếu không phải sản phẩm phần mềm và dịch vụ phần mềm thuộc quy định tại khoản 2, 3 Điều 9 Nghị định 71/2007/NĐ-CP thì phải chịu thuế GTGT với thuế suất 10%.

Trường hợp Công ty có dự án sản xuất sản phẩm phần mềm, nếu đáp ứng điều kiện về dự án đầu tư mới tại khoản 3 Điều 10 Thông tư 96/2015/TT-BTC , sản phẩm sản xuất thuộc danh mục sản phẩm phần mềm ban hành tại Phụ lục 01 Thông tư 09/2013/TT-BTTTT và đáp ứng quy trình sản xuất phần mềm tại Điều 6 Thông tư 16/2014/TT-BTTTT thì được ưu đãi thuế TNDN.

Mức ưu đãi bao gồm: thuế suất 10% trong thời hạn 15 năm, miễn thuế 4 năm và giảm 50% thuế trong 9 năm tiếp theo.

Đối với dự án đầu tư trong lĩnh vực sản xuất phần mềm, nếu có xác nhận của Bộ Thông tin và Truyền thông và đáp ứng điều kiện về dự án đầu tư mới theo quy định tại khoản 3 Điều 10 Thông tư 96/2015/TT-BTC thì được hưởng ưu đãi thuế TNDN, gồm: thuế suất 10% trong 15 năm kể từ năm có doanh thu, miễn thuế 4 năm và giảm 50% thuế trong 9 năm tiếp theo kể từ năm đầu tiên có thu nhập chịu thuế.

Theo đó, trường hợp doanh nghiệp ký hợp đồng cung cấp dịch vụ cho các dự án phần mềm và dự án bao gồm cả hạng mục phần mềm và phần cứng thì đối với dịch vụ cung cấp cho dự án phần mềm nếu thuộc các loại dịch vụ phần mềm quy định tại khoản 3 Điều 9 Nghị định số 71/2007/NĐ-CP sẽ được miễn thuế GTGT

Đối với các dịch vụ khác thì phải tính thuế GTGT, áp dụng thuế suất 10%

Đối với tiền mua bản quyền phần mềm từ nước ngoài, trước khi thanh toán Công ty phải khấu trừ, nộp thay thuế nhà thầu theo quy định tại Thông tư 103/2014/TT-BTC. Căn cứ vào hợp đồng, chứng từ thanh toán, chứng từ nộp thuế nhà thầu Công ty được tính vào chi phí hợp lý khoản tiền mua bản quyền phần mềm này

Tuy nhiên, theo quy định tại Nghị định 71/2007/NĐ-CP , hoạt động thiết kế chuyên dụng (thiết kế website), mã ngành 7410 không được xem là sản xuất sản phẩm phần mềm nên không được ưu đãi

Theo đó, các doanh nghiệp thành lập từ sau ngày 01/01/2006 (thời điểm hết hiệu lực của Thông tư 123/2004/TT-BTC ) nếu các ngành nghề đăng ký kinh doanh không thuộc lĩnh vực sản xuất phần mềm thì không được hưởng ưu đãi thuế TNDN theo Thông tư 130/2008/TT-BTC .

Trong đó, thời gian ưu đãi thuế suất được tính liên tục từ năm đầu tiên dự án có doanh thu; thời gian miễn, giảm thuế được tính liên tục từ năm đầu tiên dự án có thu nhập chịu thuế.

Thông tư 25/2022/TT-BTTTT có hiệu lực kể từ ngày 15/2/2023.

Trường hợp doanh nghiệp thực hiện thêm hoạt động kinh doanh khác không thuộc hoạt động sản xuất phần mềm thì phải hạch toán riêng, khai nộp đầy đủ thuế TNDN.

Trường hợp cá nhân sản xuất phần mềm không có đăng ký kinh doanh sẽ thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT theo Điều 4 Thông tư 219/2013/TT-BTC , đồng thời không phải mua hóa đơn để xuất giao khách hàng (Điều 13 Thông tư 39/2014/TT-BTC ).

Ngược lại, trường hợp cá nhân sản xuất phần mềm có đăng ký kinh doanh và tổng doanh thu trong năm trên 100 triệu năm thì cũng được miễn khai nộp thuế GTGT nhưng phải kê khai nộp thuế TNCN theo quy định tại Thông tư 92/2015/TT-BTC . Đồng thời, phải mua hóa đơn lẻ xuất giao khách hàng nếu thuộc đối tượng quy định tại Điều 11, 12 Thông tư 39/2014/TT-BTC .

Theo đó, trường hợp Công ty có hoạt động sản xuất phần mềm và dịch vụ phần mềm thì thuộc diện không chịu thuế GTGT. Tuy nhiên, hoạt động sản xuất phần mềm và dịch vụ phần mềm phải đáp ứng các điều kiện quy định tại Điều 6 Thông tư 16/2014/TT-BTTTT và khoản 3 Điều 9 Nghị định 71/2007/NĐ-CP

Thay vào đó, vấn đề này thuộc thẩm quyền hướng dẫn của Bộ Thông tin & Truyền thông.

Bởi lẽ, đây là Thông tư do Bộ Thông tin & Truyền thông ban hành nên chỉ Bộ Thông tin & Truyền thông mới có thẩm quyền hướng dẫn thực hiện.

Nội dung báo cáo thực hiện theo hướng dẫn tại các Phụ lục đính kèm thông tư này. Thông tư có hiệu lực thi hành từ ngày 05/7/2010.