Tổng cục Thuế cho rằng, trường hợp doanh nghiệp nhập khẩu hàng hóa theo loại hình kinh doanh sản xuất thì số thuế GTGT đã nộp khâu nhập khẩu không phải là "nộp thừa" nên không có cơ sở xét hoàn lại cho doanh nghiệp.

Tuy nhiên, trường hợp sau đó doanh nghiệp đưa số hàng này vào sản xuất xuất khẩu và đáp ứng điều kiện khấu trừ/hoàn thuế theo quy định đối với hàng xuất khẩu thì có thể đề nghị khấu trừ hoặc hoàn lại số thuế GTGT đã nộp khâu nhập khẩu tại cơ quan thuế nội địa.