So với hiện hành, Thông tư này có nhiều thay đổi, đặc biệt là quy định về phương pháp tính thuế GTGT.

Theo đó, kể từ thời điểm 1/1/2014, các doanh nghiệp có doanh thu năm trước chưa đến 1 tỷ đồng sẽ phải tính thuế GTGT theo phương pháp trực tiếp, nếu không đăng ký tự nguyện áp dụng phương pháp khấu trừ.

Đối với Doanh nghiệp mới thành lập chỉ thuộc diện tính thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ khi có đăng ký và thuộc một trong hai trường hợp dưới đây:

1. Doanh nghiệp mới thành lập từ dự án của một doanh nghiệp đang hoạt động thuộc diện tính thuế theo phương pháp khấu trừ.

2. Doanh nghiệp mới thành lập có thực hiện đầu tư, mua sắm tài sản cố định, máy móc, thiết bị có giá trị từ 1 tỷ đồng trở lên, không phân biệt thời điểm mua là trước hay sau thành lập. Tuy nhiên, giá trị 1 tỷ đồng này không bao gồm xe ô tô chở người từ 9 chỗ ngồi trở xuống

Các Doanh nghiệp mới thành lập ngoài hai trường hợp nêu trên bắt buộc phải áp dụng phương pháp trực tiếp trong năm dương lịch đầu tiên. Năm dương lịch thứ hai sẽ được áp dụng phương pháp khấu trừ nếu doanh thu năm thứ nhất đạt từ 1 tỷ đồng trở lên.

Thời điểm nộp Thông báo đăng ký tự nguyện áp dụng phương pháp khấu trừ thuế chậm nhất là ngày 20/12 hằng năm (đối với doanh nghiệp có doanh thu dưới 1 tỷ đồng) và thời điểm nộp hồ sơ đăng ký thuế (đối với doanh nghiệp mới thành lập).

Thông tư có hiệu lực thi hành từ ngày 01/01/2014, thay thế Thông tư số 06/2012/TT-BTC ngày 11/01/2012 và Thông tư số 65/2013/TT-BTC ngày 17/5/2013 của Bộ Tài chính.

Đính kèm Bảng danh mục ngành nghề tính thuế GTGT theo tỷ lệ % trên doanh thu.