Bộ Tài chính lưu ý, trường hợp doanh nghiệp sản xuất thiết bị, dụng cụ y tế tiêu thụ trong nước nếu có số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết của hàng hóa, nguyên liệu và hoạt động sản xuất thiết bị, dụng cụ y tế thuộc đối tượng chịu thuế GTGT 5% thì không được hoàn thuế mà chuyển sang khấu trừ vào các kỳ tiếp theo (trừ trường hợp doanh nghiệp đó có dự án đầu tư mới, có số thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho đầu tư mà chưa được khấu trừ từ 300 triệu đồng trở lên được hoàn thuế theo khoản 3 Điều 1 Luật số 106/2016/QH13
).
Về ưu đãi thuế nhập khẩu đối với nguyên liệu, vật tư dùng cho sản xuất thiết bị y tế trong nước, trường hợp nguyên liệu, vật tư nhập khẩu thuộc loại trong nước chưa sản xuất và dùng để sản xuất thiết bị y tế thuộc diện ưu tiên nghiên cứu chế tạo thì được miễn thuế nhập khẩu trong 05 năm theo quy định tại khoản 14 Điều 16 Luật thuế XNK số 107/2016/QH13 .
Ngoài ra, nguyên liệu, vật tư nhập khẩu để sản xuất thiết bị y tế có thể được hưởng thuế suất ưu đãi đặc biệt FTA (nếu có xuất xứ từ các nước đã ký kết Hiệp định thương mại tự do với Việt Nam) hoặc được hưởng thuế suất ưu đãi MFN (nếu thuộc loại trong nước chưa sản xuất).